Im 6. Jahrhundert geriet die Nordwestschweiz unter die Herrschaft der Franken. Sie führten ausser vielen anderen Neuerungen auch das Christentum ein. Davon zeugen die Spuren der Vorgängerbauten der Johannes-Kapelle, die bis ins frühe Mittelalter zurückreichen. Eine Silbermünze aus dem Jahr 913 sowie ein verziertes Webbrettchen wurden im Schutt der ersten Kirche gefunden. In der ganzen Region werden Kirchen gebaut, so auch die Pfarrkirche St. Nikolaus in Hofstetten. Die Bevölkerung von Hofstetten und Flüh bleibt dem katholischen Glauben über die Reformation hinaus treu.